Enquanto o cisma em Alexandria estava no auge, Pedro, tendo novamente anatematizado o tomo de Leão, as transações de Calcedônia e aqueles que se recusavam a admitir os escritos de Dióscoro e Timóteo, induziu alguns bispos e arquimandritas a se comunicarem com ele e, não conseguindo persuadir os demais, expulsou a maioria deles de seus mosteiros. Por conta desses acontecimentos, Nefálio visitou a cidade imperial e relatou o ocorrido a Zenão, que, muito irritado, enviou Cosmas, um de seus oficiais, encarregado de ameaçar Pedro para garantir a unidade, visto que este havia causado sérias dissensões com sua severidade. Cosmas retornou à cidade imperial sem cumprir o objetivo de sua missão, tendo apenas restituído aos mosteiros aqueles que haviam sido expulsos. Posteriormente, Arsênio foi enviado pelo imperador como governador do Egito e comandante das forças. Chegando a Alexandria acompanhado de Nefálio, negociou com vistas à unidade; mas não conseguindo induzir as pessoas a aceitarem suas medidas, ele envia algumas delas à cidade imperial, onde, consequentemente, muitas discussões ocorreram na presença de Zenão: mas sem resultado prático, porque o imperador recusou totalmente o acordo com o sínodo em Calcedônia.