Juliano restaura a liberdade aos cristãos, a fim de causar mais problemas na Igreja. O tratamento cruel dado aos cristãos foi o plano que ela arquitetou. Foi por essas razões que Juliano convocou de volta do exílio todos os cristãos que, durante o reinado de Constâncio, haviam sido banidos por causa de seus sentimentos religiosos, e restituiu-lhes as propriedades que lhes haviam sido confiscadas por lei. Ele ordenou ao povo que não cometesse nenhum ato de injustiça contra os cristãos , que não os insultasse e que não os obrigasse a oferecer sacrifícios contra a sua vontade. Ordenou que, se por vontade própria desejassem aproximar-se dos altares, primeiro aplacassem a ira dos demônios , que os pagãos consideravam capazes de afastar o mal , e se purificassem pelo procedimento costumeiro de expiação. Contudo, ele privou o clero das imunidades, honras e provisões que Constantino lhe havia concedido; revogou as leis que haviam sido promulgadas em seu favor e reforçou suas responsabilidades legais. Ele chegou a obrigar as virgens e viúvas , que, por causa de sua pobreza, eram consideradas parte do clero , a restituir a provisão que lhes havia sido destinada proveniente de fontes públicas. Pois, quando Constantino ajustou os assuntos temporais da Igreja , destinou uma parte suficiente dos impostos arrecadados em cada cidade para o sustento do clero em todos os lugares; e para garantir a estabilidade desse arranjo, promulgou uma lei que permanece em vigor desde a morte de Juliano até os dias atuais. Dizem que essas transações foram muito cruéis e rigorosas, como se depreende dos recibos entregues pelos recebedores do dinheiro àqueles de quem ele havia sido extorquido, recibos esses que visavam demonstrar que os bens recebidos de acordo com a lei de Constantino haviam sido restituídos.
Nada, porém, pôde diminuir a inimizade do governante contra a religião. Na intensidade de seu ódio contra a fé , ele aproveitou todas as oportunidades para arruinar a Igreja . Privou-a de suas propriedades, ex-votos e objetos sagrados, e condenou aqueles que haviam demolido templos durante os reinados de Constantino e Constâncio a reconstruí-los ou a arcar com as despesas de sua reconstrução. Por esse motivo, visto que não podiam pagar as quantias exigidas, e também devido à inquisição por bens sagrados, muitos sacerdotes , clérigos e outros cristãos foram cruelmente torturados e lançados na prisão .
Pode-se concluir, pelo que foi dito, que se Juliano derramou menos sangue do que os perseguidores da Igreja anteriores , e se concebeu menos punições para a tortura do corpo, foi mais severo em outros aspectos; pois parece ter infligido o mal à Igreja de todas as maneiras, exceto pelo fato de ter reconduzido os sacerdotes que haviam sido condenados ao exílio pelo Imperador Constâncio ; mas diz-se que ele emitiu essa ordem em favor deles não por misericórdia, mas para que, por meio de contendas entre si, as igrejas pudessem se envolver em conflitos fraternos e perder seus próprios direitos, ou porque queria difamar Constâncio; pois supunha que poderia tornar o monarca morto odioso a quase todos os seus súditos, favorecendo os pagãos que compartilhavam dos mesmos sentimentos que ele e demonstrando compaixão por aqueles que sofreram por Cristo , por terem sido tratados injustamente . Expulsou os eunucos dos palácios porque o falecido imperador tinha boa afeição por eles. Ele condenou Eusébio, o governador da corte imperial, à morte, sob a suspeita de que o assassinato de seu irmão Galo fora orquestrado por ele. Convocou Aécio, líder da heresia eunômica , da região para onde Constâncio o havia banido, o qual era suspeito devido à sua proximidade com Galo; e a ele Juliano enviou cartas repletas de benevolência e lhe concedeu veículos oficiais. Por motivo semelhante, condenou Elêusis, bispo de Cízico , à pena mais severa, obrigando-o a reconstruir, em dois meses e às suas próprias custas, uma igreja pertencente aos novacianos que ele havia destruído sob o reinado de Constâncio. Muitas outras coisas poderiam ser encontradas que ele fez por ódio ao seu predecessor, seja realizando-as pessoalmente ou permitindo que outros as realizassem.