Com o retorno de Joviano da Pérsia , as comoções eclesiásticas recomeçaram: aqueles que presidiam as igrejas se esforçavam para se antecipar uns aos outros, na esperança de que o imperador se apegasse às suas próprias crenças. Ele, porém, desde o início aderira à fé homoousiana e declarou abertamente que a preferia a todas as outras. Além disso, escreveu cartas a Atanásio, bispo de Alexandria, e o encorajou. Este, logo após a morte de Juliano, recuperou a igreja alexandrina e, confiante por meio das cartas mencionadas, dissipou todo o temor . O imperador também reconduziu do exílio todos os prelados que Constâncio havia banido e que não haviam sido reintegrados por Juliano. Ademais, os templos pagãos foram novamente fechados e seus habitantes se esconderam onde quer que pudessem. Os filósofos também deixaram de lado seus pálios e vestiram trajes comuns. A poluição pública pelo sangue das vítimas, que fora profusamente praticada, chegando a causar repulsa, durante o reinado de Juliano, foi agora também eliminada.