Em Antioquia, o grande Meleto foi sucedido por Flaviano, que, juntamente com Diodoro, travou grandes lutas pela salvação das ovelhas. Paulino, de fato, desejava receber o bispado, mas foi impedido pelo clero sob o argumento de que não era justo que Meleto, após sua morte, fosse sucedido por alguém que não compartilhasse de suas opiniões, e que ao cuidado do rebanho deveria ser promovido aquele que se destacara por seus muitos trabalhos e que correra muitos riscos em prol das ovelhas. Assim, surgiu uma hostilidade duradoura entre os romanos e os egípcios contra o Oriente, e o ressentimento não se dissipou nem mesmo com a morte de Paulino. Mesmo depois de Evágrio ocupar sua sé, a hostilidade persistiu contra o grande Flaviano, apesar de a promoção de Evágrio constituir uma violação da lei da Igreja, pois ele fora promovido unicamente por Paulino, em desrespeito a muitos cânones. Pois um bispo moribundo não tem permissão para ordenar outro para substituí-lo, e todos os bispos de uma província devem ser convocados; além disso, nenhuma ordenação de bispo pode ocorrer sem a presença de três bispos. Contudo, eles se recusaram a acatar qualquer uma dessas leis, aderiram à comunhão de Evágrio e encheram os ouvidos do imperador com queixas contra Flaviano, de modo que, sendo frequentemente importunado, este o convocou a Constantinopla e ordenou que comparecesse a Roma.
Flaviano, porém, argumentou que já era inverno e prometeu obedecer à ordem na primavera. Em seguida, retornou para casa. Mas quando os bispos de Roma, não apenas o admirável Dâmaso, mas também Sirício, seu sucessor, e Anastácio, sucessor de Sirício, importunaram o imperador com mais veemência, alegando que, enquanto reprimia os rivais que se opunham à sua autoridade, tolerava que rebeldes ousados, contrários às leis de Cristo, mantivessem sua autoridade usurpada, então o imperador o chamou novamente e tentou obrigá-lo a empreender a viagem a Roma. Sobre isso, Flaviano, em sua grande sabedoria, falou com muita ousadia e disse: “Se, senhor, houver quem me acuse de ser insano na fé, ou de ter uma vida e conduta indignas do sacerdócio, aceitarei meus acusadores como juízes e me submeterei a qualquer sentença que me impuserem. Mas se estiverem disputando a sede e a primazia, não contestarei o ponto; não me oporei àqueles que desejam tomá-las; cederei e renunciarei ao meu bispado. Portanto, senhor, conceda o trono episcopal de Antioquia a quem quiser.”
O imperador admirou sua virilidade e sabedoria, e ordenou que ele voltasse para casa e cuidasse da igreja que lhe fora confiada.
Após um longo período, o imperador chegou a Roma e, mais uma vez, deparou-se com as acusações dos bispos de que não estava fazendo nenhum esforço para acabar com a tirania de Flaviano. O imperador ordenou que eles explicassem a natureza da tirania, dizendo que ele próprio era Flaviano e que se tornara seu protetor. Os bispos responderam que era impossível para eles disputarem com o imperador. Ele então os exortou a, no futuro, unirem as igrejas em concórdia, porem fim à disputa e extinguirem o fogo de uma controvérsia inútil. Paulino, salientou, já havia falecido há muito tempo; Evágrio fora promovido irregularmente; as igrejas orientais aceitavam Flaviano como seu bispo. Não apenas o Oriente, mas toda a Ásia, o Ponto e a Trácia estavam em comunhão com ele, e toda a Ilíria reconhecia sua autoridade sobre os bispos orientais. Em submissão a esses conselhos, os bispos ocidentais prometeram pôr fim à sua hostilidade e receber os enviados que lhes fossem enviados.
Quando Flaviano foi informado dessa decisão, enviou a Roma alguns bispos dignos, com presbíteros e diáconos de Antioquia, dando a principal autoridade entre eles a Acácio, bispo de Bereia, que era famoso em todo o mundo. Com a chegada de Acácio e seu grupo a Roma, eles puseram fim à prolongada disputa e, após uma guerra de dezessete anos , trouxeram a paz às igrejas. Quando os egípcios foram informados da reconciliação, também abandonaram sua oposição e aceitaram de bom grado o acordo firmado.
Naquela época, Anastácio havia sido sucedido na primazia da Igreja Romana por Inocêncio, um homem de prudência e espírito aguçado. Teófilo, que mencionei anteriormente, ocupava a sé de Alexandria.