A rápida ascensão de João ao bispado e uma luta ainda mais veemente pelos seus assuntos. Ele restabelece a disciplina nas igrejas em todos os lugares. Ao enviar uma embaixada a Roma, ele pôs fim à hostilidade contra Flaviano. Assim que João foi elevado à dignidade episcopal, dedicou-se primeiramente à reforma da vida do clero ; repreendeu e corrigiu seus costumes, sua alimentação e todos os procedimentos de suas diversas atividades. Expulsou também alguns membros do clero da Igreja . Era naturalmente inclinado a repreender a má conduta alheia e a antagonizar com justiça aqueles que agiam injustamente ; e intensificou ainda mais essas características no episcopado , pois sua natureza, tendo alcançado o poder, levou sua língua à repreensão e intensificou sua ira contra o inimigo. Não limitou seus esforços à reforma de sua própria Igreja; mas, como um homem bom e generoso, buscou retificar os abusos em todo o mundo. Imediatamente após assumir o episcopado , esforçou-se para pôr fim à dissensão que surgira a respeito de Paulino, entre os bispos do Ocidente e do Egito e os bispos do Oriente. visto que, por esse motivo, uma desunião generalizada assolava as igrejas em todo o império, ele solicitou a ajuda de Teófilo para efetivar a reconciliação de Flaviano com o bispo de Roma . Teófilo concordou em cooperar com ele na restauração da concórdia; e Acácio, bispo de Bereia, e Isidoro, a quem Teófilo havia proposto como candidato à ordenação em vez de João, foram enviados em missão diplomática a Roma . Logo alcançaram o objetivo de sua viagem e retornaram ao Egito . Acácio dirigiu-se à Síria , levando cartas conciliatórias aos partidários de Flaviano, enviadas pelos sacerdotes do Egito e do Ocidente. E as igrejas , após uma longa demora, deixaram de lado suas discórdias e retomaram a comunhão umas com as outras. O povo de Antioquia , chamado eustatianos, continuou, de fato, por algum tempo a realizar assembleias separadas, embora não possuíssem um bispo . Evágrio, o sucessor de Paulino, não lhe sobreviveu por muito tempo, como já dissemos. E creio que a reconciliação se tornou mais fácil para os bispos por não haver ninguém a se opor. Os leigos , como é costume entre o povo, gradualmente se juntaram àqueles que se reuniram sob a orientação de Flaviano; e assim, com o passar do tempo , foram se unindo cada vez mais.