Expulsão ilegal de João de seu bispado. Os problemas que se seguiram. Incêndio da Igreja por fogo vindo do céu. Exílio de João para Cucuso. A partir desse período, os mais zelosos do povo passaram a vigiar João alternadamente, posicionando-se ao redor da residência episcopal dia e noite. Os bispos que o haviam condenado queixaram-se dessa conduta como uma violação das leis da Igreja , declararam que podiam responder pela justiça da sentença proferida contra ele e afirmaram que a tranquilidade jamais seria restaurada entre o povo enquanto ele não fosse expulso da cidade. Um mensageiro, tendo-lhe transmitido um decreto do imperador ordenando sua partida imediata, João obedeceu e escapou da cidade, sem ser notado por aqueles que haviam sido designados para vigiá-lo. Sua única queixa foi que, ao ser enviado ao exílio sem um julgamento legal ou qualquer formalidade jurídica, foi tratado com mais severidade do que assassinos, feiticeiros e adúlteros. Ele foi levado em uma pequena barca para a Bitínia e de lá prosseguiu imediatamente sua jornada. Alguns de seus inimigos temiam que o povo, ao saber de sua partida, o perseguisse e o trouxesse de volta à força, e por isso ordenaram que os portões da igreja fossem fechados. Quando as pessoas que estavam nos locais públicos da cidade souberam do ocorrido, uma grande confusão se instaurou; alguns correram para a praia como se fossem segui-lo, e outros fugiram de um lado para o outro, aterrorizados, pois temiam que a ira do imperador os atingisse por terem causado tanta perturbação e tumulto. Os que estavam dentro da igreja bloquearam ainda mais as saídas, investindo uns contra os outros. Com dificuldade, forçaram a abertura das portas com grande violência ; um grupo as quebrou com pedras, outro as puxava para si, empurrando assim a multidão para dentro do edifício. Enquanto isso, a igreja foi repentinamente consumida pelo fogo por todos os lados. As chamas se espalharam em todas as direções, e a imponente casa do conselho senatorial, adjacente à igreja ao sul, foi condenada. Os dois lados acusaram-se mutuamente de incendiarismo. Os inimigos de João afirmavam que seus partidários haviam cometido o ato por vingança, devido ao voto contrário a ele aprovado pelo conselho. Estes últimos, por sua vez, sustentavam que haviam sido caluniados.E que o ato fora perpetrado por seus inimigos, com a intenção de queimá-los na igreja. Enquanto o fogo se alastrava do final da tarde até a manhã seguinte, atingindo o que ainda estava de pé, os oficiais que mantinham João sob custódia o levaram para Cucusus, uma cidade da Armênia, que o imperador, por carta, havia designado como local de residência para o condenado. Outros oficiais foram incumbidos de prender todos os bispos e clérigos que haviam apoiado a causa de João e encarcerá-los em Calcedônia. Os cidadãos suspeitos de ligação com João foram procurados, presos e obrigados a pronunciar anátema contra ele.