Concílio realizado por Teófilo e os acusadores de João em Rufinânia. João é convocado a comparecer, mas, não estando presente, é deposto por eles. Quando Teófilo entrou em Constantinopla, nenhum membro do clero saiu ao seu encontro, pois sua inimizade contra o bispo já era de conhecimento público . Alguns marinheiros de Alexandria , porém, que por acaso estavam na costa, tanto de navios de grãos quanto de outras embarcações, reuniram-se e o receberam com grandes aclamações de alegria . Passando pela igreja, dirigiu-se diretamente ao palácio, onde um alojamento havia sido preparado para ele. Logo percebeu que muitas pessoas da cidade tinham forte preconceito contra João e estavam prontas para acusá-lo; e, tomando as devidas providências, dirigiu-se a um lugar chamado O Carvalho, nos arredores de Calcedônia. Este lugar agora leva o nome de Rufino, pois ele era cônsul e ali ergueu um magnífico palácio e uma grande igreja em honra dos apóstolos Pedro e Paulo , chamando-a, portanto, de Apostolium; e designou uma congregação de monges para desempenhar as funções clericais na igreja. Quando Teófilo e os outros bispos se reuniram para deliberar neste local, ele julgou conveniente não fazer mais alusão às obras de Orígenes e chamou os monges de Scetis ao arrependimento, prometendo que não haveria lembrança de ofensas nem prática de mal . Seus partidários apoiaram zelosamente seus esforços e disseram-lhes que deveriam pedir a Teófilo que perdoasse sua conduta; e como todos os membros da assembleia concordaram com esse pedido, os monges ficaram perturbados e, acreditando ser necessário fazer o que tantos bispos lhes desejavam , usaram as palavras que costumavam usar mesmo quando ofendidos, e disseram: " Perdoa-nos". Teófilo os acolheu de bom grado e os reintegrou à comunhão; e a questão relativa às ofensas cometidas contra os monges de Scetis foi encerrada. Estou convencido de que este assunto não teria sido resolvido tão rapidamente se Dióscoro e Amônio estivessem presentes com os outros monges . Mas Dióscoro havia falecido algum tempo antes e fora sepultado na igreja dedicada a São Mócio, o mártir . Amônio também adoecera justamente quando se preparavam os preparativos para a convocação do concílio; e embora insistisse em ir para o Bosque do Carvalho, sua enfermidade agravou-se consideravelmente: faleceu logo após a viagem e teve um sepultamento esplêndido entre os monges.daquela região, e lá ele jaz. Diz-se que Teófilo chorou ao saber de sua morte e declarou que, embora ele tivesse sido causa de muita perplexidade, não havia monge de caráter mais elevado que Amônio. Deve-se, contudo, admitir que a morte desse monge contribuiu muito para o sucesso dos planos de Teófilo.
Os membros do concílio convocaram todo o clero de Constantinopla para comparecer perante eles e ameaçaram depor aqueles que não obedecessem à convocação. Invocaram João para comparecer e responder; assim como Serapião, Tigrius, um presbítero , e Paulo , um leitor. João os informou, por intermédio de Demétrio, bispo de Pisino, e de alguns outros membros do clero , que eram seus amigos, que não se furtaria à investigação, mas que estava pronto, caso os nomes de seus acusadores e o alvo de suas acusações lhe fossem revelados , para justificar seus atos perante um concílio maior; pois não queria ser considerado insano e reconhecer seus inimigos declarados como juízes. Os bispos demonstraram tanta indignação com a recusa de João em cooperar, que alguns dos membros do clero que ele havia enviado ao concílio se intimidaram e não retornaram. Demétrio e aqueles que priorizavam seus interesses acima de quaisquer outras considerações abandonaram o concílio e retornaram a ele. No mesmo dia, um mensageiro e um taquígrafo foram enviados do palácio para ordenar que João se apresentasse aos bispos e os instasse a decidir sua causa sem mais demora. Depois de João ter sido citado quatro vezes e ter apelado para um concílio geral, nenhuma outra acusação pôde ser comprovada contra ele, exceto sua recusa em atender à convocação do concílio; e por esse motivo, eles o depuseram.