Nestório agiu, de fato, contrariamente aos costumes da Igreja e fez com que fosse odiado também por outros motivos, como se evidencia pelos acontecimentos durante seu episcopado . Pois Antônio, bispo de Germa, cidade do Helesponto, inspirado pelo exemplo de Nestório em sua intolerância para com os hereges , começou a perseguir os macedônios, sob o pretexto de cumprir as intenções do patriarca. Os macedônios suportaram seu incômodo por algum tempo; mas quando Antônio foi além, não conseguindo mais suportar seu tratamento severo, foram levados a um desespero profundo e, subornando dois homens, que priorizavam o lucro em detrimento da justiça, assassinaram seu algoz. Após os macedônios cometerem esse crime, Nestório aproveitou a ocasião para intensificar sua violência contra eles e persuadiu o imperador a confiscar suas igrejas. Eles foram, portanto, privados não apenas daqueles que possuíam em Constantinopla, diante das antigas muralhas da cidade imperial, mas também daqueles que tinham em Cízico , e muitos outros que lhes pertenciam nas áreas rurais do Helesponto. Muitos deles, então, converteram-se à Igreja Católica e professaram a fé "homoousiana" . Mas, como diz o provérbio, "aos bêbados nunca falta vinho, nem contendas"; e assim aconteceu com Nestório , que, depois de se esforçar para expulsar outros da Igreja, foi ele próprio expulso pelo seguinte motivo.