Durante o período em que Vigílio foi bispo da Roma Antiga, e primeiro Menas, depois Eutíquio da Roma Nova, Apolinário de Alexandria, Dômnio de Antioquia e Eustóquio de Jerusalém, Justiniano convocou o quinto sínodo, pela seguinte razão: — Devido à crescente influência daqueles que defendiam as opiniões de Orígenes, especialmente no que se chama de Nova Laura, Eustóquio fez todos os esforços para expulsá-los e, visitando o próprio local, expulsou todo o grupo, dispersando-os por serem considerados uma praga. Essas pessoas, em sua dispersão, associaram-se a muitas outras. Encontraram um defensor em Teodoro, cognominado Ascidas, bispo de Cesareia, a metrópole da Capadócia, que estava constantemente ao lado de Justiniano, por ser confiável e muito prestativo. Enquanto ele causava muita confusão na corte imperial e declarava o procedimento de Eustóquio totalmente ímpio e ilegal, este último envia a Constantinopla Rufo, superior do mosteiro de Teodósio, e Conon, do de Saba, pessoas de grande distinção entre os eremitas, tanto por seu valor pessoal quanto pelas casas religiosas que chefiavam; e a eles se associaram outros que mal lhes eram inferiores em dignidade. Estes, em primeira instância, levantaram as questões relativas a Orígenes, Evágrio e Dídimo. Mas Teodoro da Capadócia, com o intuito de desviá-los desse ponto, introduz o assunto de Teodoro de Mopsuéstia, Teodoreto e Ibas; o bom Deus providencialmente dispondo todo o procedimento, para que as profanidades de ambas as partes fossem afastadas.
Ao ser levantada a primeira questão, ou seja, se era correto anatematizar os mortos, Eutíquio, um homem de consumada habilidade nas Sagradas Escrituras, sendo ainda uma pessoa sem distinção — pois Menas ainda estava vivo, e ele próprio era, naquela época, apocrisiário do bispo de Amaseia — lançando um olhar para a assembleia, não apenas de inteligência imponente, mas de desprezo, declarou claramente que a questão não precisava de debate, visto que o rei Josias, em tempos antigos, não só matara os sacerdotes dos demônios ainda vivos, como também violara os sepulcros daqueles que já haviam falecido há muito tempo. Todos consideraram que isso havia sido dito com o propósito de esclarecer a questão. Justiniano, também, tendo sido informado do ocorrido, o elevou à sé da cidade imperial após a morte de Menas, que aconteceu imediatamente depois. Vigílio deu seu consentimento por escrito à convocação do sínodo, mas recusou-se a comparecer.
Justiniano dirigiu uma indagação ao sínodo, logo após sua reunião, sobre qual era a opinião deles a respeito de Teodoro e das declarações de Teodoreto contra Cirilo e seus doze capítulos, bem como sobre a epístola de Ibas, como é chamada, dirigida a Maris, o Persa. Após a leitura de muitas passagens de Teodoro e Teodoreto, e provas de que Teodoro havia sido condenado há muito tempo e apagado dos dípticos sagrados, e também de que era apropriado que os hereges fossem condenados após a morte, eles unanimemente anatematizaram Teodoro e o que havia sido defendido por Teodoreto contra os doze capítulos de Cirilo e a fé verdadeira, bem como a epístola de Ibas a Maris, o Persa, com as seguintes palavras:
"Nosso grande Deus e Salvador Jesus Cristo, segundo a parábola dos evangelhos", e assim por diante. "Além de todos os outros hereges, que foram condenados e anatematizados pelos quatro santos sínodos mencionados anteriormente e pela santa Igreja Católica e Apostólica, condenamos e anatematizamos Teodoro, intitulado bispo de Mopsuéstia, e seus escritos ímpios; também tudo o que foi impiamente escrito por Teodoreto contra a fé correta, contra os doze capítulos do santo Cirilo e contra o primeiro santo sínodo de Éfeso, e tudo o que ele escreveu em defesa de Teodoro e Nestório. Anatematizamos ainda a ímpia epístola que se diz ter sido escrita por Ibas a Maris, o Persa."
Após tratarem de outros assuntos, passaram a expor catorze capítulos referentes à fé correta e irrepreensível. Assim haviam prosseguido os acontecimentos; porém, diante da apresentação de libelos contra a doutrina de Orígenes, também chamado Adamâncio, e os seguidores de seu ímpio erro, pelos monges Eulógio, Conon, Ciríaco e Pancrácio, Justiniano dirigiu uma questão ao sínodo a respeito desses pontos, anexando-lhe uma cópia do libelo, bem como a epístola de Vigílio sobre o assunto: de tudo isso se pode depreender das tentativas de Orígenes de preencher a simplicidade da doutrina apostólica com joio filosófico e maniqueísta. Consequentemente, o sínodo dirigiu uma resposta a Justiniano, após ter proferido exclamações contra Orígenes e os defensores de erros semelhantes. Um trecho dessa resposta é expresso nos seguintes termos: "Ó imperador cristianíssimo, dotado de generosidade celestial de alma", e assim por diante. "Evitamos, portanto, esse erro; pois não conhecíamos a voz do estrangeiro; e tendo amarrado tal indivíduo, como um ladrão e um salteador, nas cordas de nosso anátema, expulsamo-lo dos recintos sagrados." E logo em seguida prosseguem: "Pela leitura, vocês aprenderão o vigor de nossos atos." A isso acrescentaram uma declaração dos pontos principais que os seguidores de Orígenes foram ensinados a sustentar , mostrando suas concordâncias, bem como suas discordâncias e seus múltiplos erros. O quinto ponto contém as expressões blasfemas proferidas por indivíduos pertencentes ao que é chamado de Nova Laura, como segue. Teodoro, cognominado Ascidas, o Capadócio, disse: "Se os Apóstolos e Mártires atualmente realizam milagres e já são tão altamente honrados, a menos que sejam iguais a Cristo na restituição das coisas, em que sentido haverá restituição para eles?" Relataram também muitas outras blasfêmias de Dídimo, Evágrio e Teodoro, tendo extraído com grande diligência tudo o que dizia respeito a esses pontos. Algum tempo depois da reunião do sínodo, Eutíquio foi deposto e, em seu lugar, foi nomeado para a sé de Constantinopla João, natural de Seremis, uma aldeia do distrito de Cinégica, pertencente a Antioquia.