Após a prolação desta sentença legitimamente justa, João, bispo de Antioquia, chega com seus sacerdotes auxiliares, cinco dias após o ato de deposição; e, tendo reunido todos os seus companheiros, depõe Cirilo e Mêmnon. Em virtude, porém, das calúnias apresentadas por Cirilo e Mêmnon ao sínodo que se reunira em sua presença (embora Sócrates, por ignorância, tenha apresentado uma versão diferente), João é convocado para justificar a deposição que havia pronunciado; e, como não comparece após ser convocado três vezes, Cirilo e Mêmnon são libertados da sentença, e João e seus sacerdotes auxiliares são afastados da sagrada comunhão e de toda a autoridade sacerdotal. Quando, contudo, Teodósio, apesar de sua recusa inicial em sancionar a deposição de Nestório, posteriormente, ao ser plenamente informado de sua blasfêmia, dirigiu cartas piedosas tanto a Cirilo quanto a João, eles se reconciliam e ratificam o ato de deposição.