Deste concílio, Dióscoro, sucessor de Cirilo na sé de Alexandria, foi nomeado presidente, por uma intriga, em inimizade com Flaviano, de Crisáfio, que na época influenciava a corte imperial. Apresse-se a chegar a Éfeso Juvenal, bispo de Jerusalém, que estivera presente no concílio anterior, com um grande número de sacerdotes auxiliares, e com ele também Domno, sucessor de João em Antioquia; e além deles, Júlio, bispo, que era o representante de Leão, bispo da Roma Antiga. Flaviano também estava presente com seus bispos auxiliares, tendo Teodósio dirigido um édito a Elpídio, nestes termos precisos: "Contanto que aqueles que na ocasião anterior julgaram o religiosamente Arquimandrita Êutiques estejam presentes, mas não participem dos procedimentos, abstendo-se das funções de juízes e aguardando a resolução de todos os santíssimos padres; visto que sua própria decisão anterior é agora objeto de inquisição." Neste concílio, a deposição de Êutiques é revogada por Dióscoro e seus associados — conforme consta nas atas — e a mesma sentença é proferida contra Flaviano e Eusébio, presidente da igreja de Dorileia. Ao mesmo tempo, Ibas, bispo de Edessa, é excomungado; e Daniel, bispo de Carras, Irineu de Tiro e Aquilino de Biblus são depostos. Algumas medidas também foram tomadas em relação a Sofrônio, bispo de Constantina: Teodoreto, bispo de Ciro, e até mesmo Domno de Antioquia são depostos. O que aconteceu com este último posteriormente, não consegui descobrir. Após esses procedimentos, o segundo concílio de Éfeso foi dissolvido.