Em primeiro lugar, Teófilo tentou investigar o caso da ordenação de Heráclides, para que, se possível, encontrasse ocasião para depor novamente João. Heráclides não estava presente nesse escrutínio. Mesmo assim, foi julgado à revelia, acusado de ter espancado injustamente algumas pessoas e, posteriormente, arrastado-as acorrentadas pelo centro da cidade de Éfeso. Enquanto João e seus partidários protestavam contra a injustiça de sentenciar uma pessoa ausente, os alexandrinos argumentavam que deveriam ouvir os acusadores de Heráclides, embora ele não estivesse presente. Seguiu-se, então, uma acirrada disputa entre os alexandrinos e os constantinopolitanos, e um tumulto irrompeu, resultando em muitos feridos e alguns mortos. Teófilo, ao presenciar o ocorrido, fugiu para Alexandria sem cerimônia; e os outros bispos , com exceção dos poucos que apoiavam João, seguiram seu exemplo e retornaram às suas respectivas dioceses. Após essas transações, Teófilo ficou em desgraça aos olhos de todos; mas o ódio que lhe era atribuído aumentou enormemente pela maneira vergonhosa com que continuou a ler as obras de Orígenes . E quando lhe perguntaram por que tolerava aquilo que havia condenado publicamente, respondeu: " Os livros de Orígenes são como um prado esmaltado com flores de todos os tipos. Se, portanto, encontro uma bela entre elas, eu a colho; mas tudo o que me parece espinhoso, eu piso por cima, como se fosse algo que me ferisse." Mas Teófilo deu essa resposta sem refletir sobre o dito do sábio Salomão, em Eclesiastes 12:11 , que diz: "As palavras dos sábios são como aguilhões; e aqueles que são feridos pelos preceitos que contêm não devem se rebelar contra eles." Por essas razões, então, Teófilo era desprezado por todos . Dióscoro, bispo de Hermópolis, um dos chamados "Monges Altos", morreu pouco tempo depois da fuga de Teófilo e foi homenageado com um funeral magnífico, sendo sepultado na igreja de "O Carvalho", onde o Sínodo foi convocado por ordem de João. Enquanto isso, João se dedicava assiduamente à pregação. Ele ordenou Serapião bispo de Heracleia, na Trácia, por causa de quem havia sido alvo de críticas. Não muito tempo depois, ocorreram os seguintes eventos.