Após a partida de Epifânio, João foi informado por alguém de que a Imperatriz Eudóxia o havia instigado contra ele. E, sendo de temperamento impetuoso e de fala rápida, logo em seguida proferiu uma invectiva pública contra as mulheres em geral. O povo prontamente interpretou isso como uma indireta contra a imperatriz, e assim o discurso foi apropriado por pessoas mal-intencionadas e relatado às autoridades. Finalmente, ao ser informada disso, a imperatriz queixou-se imediatamente ao marido, dizendo-lhe que o insulto dirigido a ela era igualmente um insulto contra ele. O imperador, portanto, autorizou Teófilo a convocar um Sínodo sem demora contra João; Severiano também colaborou na promoção disso, pois ainda guardava rancor contra Crisóstomo. Não muito tempo se passou até a chegada de Teófilo, que havia convencido vários bispos de diferentes cidades a acompanhá-lo; estes, porém, também haviam sido convocados por ordem do imperador. Muitos dos bispos da Ásia João havia deposto quando foi a Éfeso e ordenou Heráclides. Assim, por acordo prévio, todos se reuniram em Calcedônia, na Bitínia. Cirino, então bispo de Calcedônia e egípcio de nascimento, proferiu muitas palavras depreciativas contra João aos bispos , denunciando-o como "o ímpio", "o arrogante " e "o inexorável". De fato, eles ficaram muito satisfeitos com essas denúncias. Mas Marutas, bispo da Mesopotâmia, tendo involuntariamente pisado no pé de Cirino, ficou gravemente ferido e não pôde embarcar com os demais para Constantinopla, permanecendo em Calcedônia. Os outros atravessaram o rio. Ora, Teófilo havia declarado tão abertamente sua hostilidade a João que nenhum membro do clero se dispôs a ir ao seu encontro ou a lhe prestar-lhe a menor homenagem ; porém, alguns marinheiros alexandrinos que por acaso estavam no local — pois naquele momento os navios que transportavam grãos ali se encontravam — o saudaram com aclamações alegres. Ele se desculpou por não entrar na igreja e se instalou em uma das mansões imperiais chamada "O Placidiano". Então, por causa disso, uma torrente de acusações começou a ser lançada contra João; pois Orígenes não era mais mencionado , mas todos estavam empenhados em apresentar uma variedade de acusações, muitas das quais ridículas. Resolvidas essas questões preliminares, os bispos se reuniram em um dos subúrbios de Calcedônia, um lugar chamado "O Carvalho", e imediatamente intimaram João a responder às acusações que lhe foram feitas. Ele também convocou Serapião, o diácono ; Tigre, o presbítero eunuco ; ePaulo, o leitor, também foi convocado a comparecer com ele, pois esses homens estavam incluídos nas acusações, como participantes de sua culpa. E como João, discordando daqueles que o haviam citado, sob a alegação de serem seus inimigos, recusou-se a comparecer e exigiu um concílio geral, sem demora, eles repetiram a convocação quatro vezes seguidas; e como ele persistiu em sua recusa de encontrá-los como seus juízes, sempre dando a mesma resposta, eles o condenaram e o depuseram sem apresentar qualquer outra causa para sua deposição, a não ser o fato de ele se recusar a obedecer à convocação. Essa decisão, ao ser anunciada ao entardecer, incitou o povo a uma sedição alarmante; a ponto de vigiarem a noite toda e não permitirem de modo algum que ele fosse removido da igreja, mas clamarem que sua causa deveria ser decidida em uma assembleia maior. Um decreto do imperador, no entanto, ordenou que ele fosse imediatamente expulso e enviado ao exílio; Assim que John foi informado, entregou-se voluntariamente por volta do meio-dia, sem o conhecimento da população, no terceiro dia após sua condenação, pois temia qualquer movimento insurrecional por sua causa e, consequentemente, foi levado embora.